Komplikasi yang jarang dari penyakit ini adalah kram otot, osteoporosis, kekurangan gizi akut dan jelas dengan tonjolan dan asites di tungkai. Penyakit ini dapat mempengaruhi sistem saraf dengan cara yang tidak diketahui yang menyebabkan mati rasa pada anggota badan dengan ataksia serebral karena kalsifikasi di otak kecil, dan penyakit yang terkait, yang dokter perhatikan pada pasien dengan intoleransi gandum lebih dari orang lain yang alergi dan penyakit autoimun , yang meliputi penyakit Hashimoto yang mempengaruhi kelenjar tiroid dan diabetes tipe I dan penyakit Schugren, dan penyakit terkait serta penyakit radang usus, penyakit hati kronis, epilepsi, dan sirosis bilier primer
Kekurangan antibiotik juga lebih umum pada orang dengan alergi gandum, dan komplikasi jangka panjang osteoporosis terjadi bahkan pada pasien yang mematuhi makanan bebas gluten.