Parkinson mempengaruhi saraf yang mengeluarkan dopamin. Ini menghancurkan saraf yang ditransfer dari zat yang terperangkap di otak tengah ke ganglia basal. Dalam anatomi post-mortem, bahan yang terperangkap dipengaruhi oleh hilangnya melanin di dalamnya
Di bawah mikroskop, ada kehilangan banyak saraf di area zat, dan ketika pemeriksaan mikroskopis dari saraf yang tersisa, ada benda yang berbeda di dalam neuron yang disebut badan Lewy. Gejala penyakit Parkinson biasanya terjadi setelah 60-80% Ketika dopamin hilang, neurotransmiter lain meningkat terutama pembawa kolinergik, karena defisiensi dopamin dan peningkatan transportasi kolinergik menyebabkan penyakit Parkinson.